杯状耳多由先天性原因引起，孕妇服误用某些药物或接触某些化学物质及放射线等，均可导致胎儿耳发育的畸形。先天性原因引起的往往不单纯是耳廓的畸形，还伴有外耳道、中耳及其他结构的异常。